Autor /Editor: Jon Corell y Naiara Rodríguez-Ezpeleta
Año: 2014
Contenido: El metabarcoding consiste en asignar taxonómicamente individuos de una muestra medioambiental basándose en sus secuencias del ADN. El aumento del esfuerzo por descubrir la verdadera y oculta biodiversidad que se lleva a cabo en diferentes campañas, junto con la creación de nuevas tecnologías de secuenciación han hecho que el metabarcoding haya aumentado considerablemente en los últimos años. El éxito de dicha técnica depende sobre todo de la eficiencia del protocolo de extracción del ADN, así como también de la idoneidad de los marcadores genéticos y parejas de cebadores usados para la identificación taxonómica.
En este estudio, hemos evaluado experimentalmente diferentes protocolos de extracción del ADN de muestras complejas de zooplancton y hemos testado teóricamente la idoneidad de varias parejas de cebadores previamente publicados para el barcoding de zooplancton. Nuestros análisis experimentales demuestran que el método más eficaz para extraer ADN de muestras complejas de zooplancton es el SDS-cloroformo. Además, nuestro análisis teórico muestra que ninguna pareja de cebadores es suficiente para amplificar uno de los marcadores más comúnmente utilizados para el metabarcoding, el gen de la subunidad I de la citocromo c oxidasa (COI). Sin embargo, hay varios cebadores basados en el gen de la pequeña subunidad ribosómica (18S rARN) que parecen capturar toda la diversidad. Nuestros resultados tienen implicaciones para futuros estudios de metabarcoding de zooplancton, para los cuales es necesario un previo conocimiento del mejor método de extracción del ADN y de los cebadores que permitan la mayor, o deseada, cobertura taxonómica posible.
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